La Instrucción General 165/142 de 1965 reorganizó el ejército. Las unidades se dividieron en dos bloques:
-Fuerzas de Intervención Inmediata (FII): constituían un cuerpo de ejército equipado y adiestrado para la guerra convencional y nuclear limitada, dispuesto para ser desplegado dentro o fuera de las fronteras nacionales.
-Defensa Operativa del Territorio (DOT): repartida entre las once capitanías generales, equipada y adiestrada para la guerra antisubversiva y para hacer frente a posibles desembarcos enemigos en territorio nacional.
Cada Región Militar (RM) tenía una Brigada de Defensa Operativa del Territorio (BRIDOT) formadas por varias unidades, según veremos, entre ellas dos COE que dependían orgánica y tácticamente de su correspondiente BRIDOT y, en el caso que nos ocupa, las COE 61 y 62 de la BRIDOT VI. A efectos administrativos y de recibir apoyos de índole logístico, cada COE se alojó en el cuartel de uno de los regimientos de infantería de la citada BRIDOT. En este caso, la COE 61, “Jerónimo Merino”, más conocida como la COE de Burgos, lo hizo en cuartel del Regimiento de Infantería San Marcial 7. Por su parte, la COE 62, “Mariano Renovales”, esto es, la COE de Bilbao, en el del Regimiento Garellano 45.
La BRIDOT VI era una Gran Unidad de infantería ligera, flexible, con elevada capacidad de adaptación al entorno físico en el que debía operar, económica en su constitución y en su mantenimiento e identificada perfectamente con el medio humano en el que se movía. Estas características facilitaron, desde un principio, la integración en la misma de las dos COE citadas y fueron la base de la simbiosis que se consiguió entre estas y el resto de las unidades de la brigada.
En su plan general de instrucción, prestó un especial interés, de acuerdo con las posibles misiones que se le podían encomendar, a las maniobras y ejercicios de guerra irregular y de guerrillas/contraguerrillas, lo que permitió el constante empleo de las COE 61 y 62 y así mejorar su instrucción y operatividad. Era habitual que una COE (o las dos) se constituyeran en una guerrilla que realizaba infiltraciones, exfiltraciones, golpes de mano, emboscadas, observación de puestos de mando, hostigamientos, etc., mientras que el resto (o una parte) de las unidades de la BRIDOT VI actuaban como contraguerrilla mediante la localización de las partidas, defensa de objetivos, protección de puestos de mando, de convoyes, establecimiento de cercos, etc.
Con motivo de los movimientos fronterizos de miembros de la organización ETA y debido a su conocimiento del terreno y operatividad, las COE 61 y 62, junto con unidades de esquiadores de la División de Montaña, se las empleó para impermeabilizar las zonas de paso fronterizas entre Vera de Bidasoa y Roncesvalles (Navarra), para ello establecieron patrullas al sur de la línea de mugas en la zona fronteriza.
La BRIDOT VI dependía orgánicamente de la 6ª RM, cuya Capitanía General se encontraba en Burgos y sus dos COE se movían por las entonces provincias de Santander, Burgos, Logroño, Álava, Guipúzcoa, Vizcaya y Navarra. En 1979 la brigada se reforzó con la incorporación de nuevas unidades. En Vitoria (Álava) se encontraba su Cuartel General, el Regimiento de Artillería de Campaña nº 25, la Agrupación Mixta de Encuadramiento nº 6, el Grupo Ligero de Caballería VI y el Batallón Mixto de Ingenieros VI. En Burgos el Regimiento de Infantería San Marcial nº 7 y la COE 61. En Bilbao (Vizcaya) el Regimiento de Infantería Garellano nº 45 y la COE 62. En San Sebastián (Guipúzcoa) la Plana Mayor Reducida del Regimiento de Infantería Flandes número 30 (hasta el año 1979, que se trasladó a Vitoria y activó como regimiento). En Santander el Regimiento de Defensa NBQ Valencia nº 23 (hasta 1979 lo fue de NBQ).
En 1985 la BRIDOT VI, en aplicación del Plan de Modernización del Ejército de Tierra (Plan META), se transformó en Brigada de Infantería Motorizada LII (BRIMT LII) encuadrada en la División de Montaña “Navarra” nº 5.
Por su parte, las COE 61 y 62 a primeros de 1986 se integraron en el recién creado GOE San Marcial V, con sede en Burgos, con el nombre de COE 51 y 52, respectivamente.
